A finals del segle XVI, amb l'aparició de nous ordres religiosos, els caputxins s'instal·laren a Girona, inicialment a l'ermita de la Mare de Déu de Gràcia 1 a l'aleshores anomenada muntanya de les Enderrocades. Al seu voltant es van aixecar diverses construccions, pel que el lloc va passar a ser conegut com la Mare de Déu de les Ermites. El 1623 varen acordar aixecar un nou establiment al Mercadal, al costat de l'hospital de Santa Caterina 2 i traslladar-s'hi. La primera pedra va ser posada el 1624 i el lloc fou dedicat al Corpus Christi.
El 1650 la ciutat de Girona va patir un greu episodi de pesta i el convent del Corpus Christi es va veure afectat per aquell fet. Finalment va ser clausurat amb la intenció de traslladar-lo a les Ermites, però el setge francès de la ciutat va precipitar els esdeveniments i el lloc va quedar en ruïnes l'any 1653. La comunitat va retornar a les Ermites. El 1678 el convent estava abandonat.
Dos segles més tard, es traslladaren definitivament al carrer de la Força, a l'edifici que actualment és el Museu d'Història de Girona.
Durant la Guerra de Successió, el 1707, el convent va ser transformat en el fort dels Caputxins, un nou equipament militar de defensa de la ciutat 3. Des de la cresta de la muntanya dominava perfectament el camí a Sant Feliu de Guíxols i el puig de Montilivi, alhora que cobria els altres forts. En aquest indret ja s'havia establert una defensa avançada dels forts de la reina Anna i del Conestable al segle XVII.
Tenia forma rectangular amb un petit baluard a cada angle. Disposava de dos mitjos baluards exteriors, separats del recinte per un fossat. El fort tenia uns 120 metres de llarg i uns 80 d'ample i ocupava una superfície de 8.500 metres quadrats amb quatre baluards i un hornabec (fortificació exterior que es compon de dos mitjos baluards) d'uns 3.000 metres quadrats i un petit fossat amb un pont.
Quan es va construir el fort, s'aprofità com a túnel d'escapatòria a través d'una porta secreta, avui tancada, oberta a la vessant de Vila-roja, que probablement també servia de comunicació subterrània entre els dos recintes del fort separats pel fossat.
En el recinte principal, al costat del polvorí, hi havia l'allotjament per a la guarnició i sota d'un dels mitjos baluards exteriors, el que dóna a l'est, hi havia la gran cisterna original de l'antic convent.
El fort va estar actiu fins a la Guerra del Francès. Amb l'arribada dels francesos per la zona de Palau, en el primer setge (1808), el primer canó es va disparar des d'aquest fort. Durant el setge napoleònic (1809), el fort era defensat per un batalló de voluntaris de Tarragona i el primer batalló de Miquelets de Manresa. El fort mai no va ser capturat. Segons recull l'exalcalde Emili Grahit en les seves memòries, el fort tenia vuit canons i dos morters. Quan el 1814 les tropes franceses van abandonar la ciutat van fer destruir totes les fortificacions, i el fort va ser volat. Des d'aleshores, només hi ha restes escampades.
Anys més tard, el 1924, s'hi va refer un segon polvorí no massa allunyat d'un de ja existent. D'aquesta època daten també les garites encara dempeus i visitables (originalment, quatre, des les quals en quedes dues).
1 Ja existia a l'indret un petit eremitori des del segle XV, que més tard va ser convertit en capella. El 1582 va rebre l'hàbit el primer caputxí gironí, fra Juníper, i poc després fra Miquel de Girona. Aquesta comunitat aviat es guanyà la devoció de molts gironins; el 1584 van ampliar la capella i el 1587, el refetor. ("Girona. Convents i Monestirs, segles X - XIX". Direcció Joan Boadas. Ajuntament de Girona, 2005. ISBN 84-8496-012-9).
2 Per la construcció del nou convent es van utilitzar materials procedents de les Ermites, que van desmuntar parcialment. El nou convent va ser inaugurat el 1628, traslladant el Santíssim d'un lloc a l'altre. Però a causa de la devoció a la Mare de Déu de Gràcia que es venerava al convent primitiu, no es va abandonar del tot i els caputxins hi mantingueren una reduïda comunitat, i va quedar com a depenent del Corpus Christi, però a partir del 1634 com entitat jurídicament independent tot i que a causa de les seves limitacions físiques, molt reduït.
3 "La guerra de sucesión de 1707 transformó este convento en fortín; los capuchinos fueron aposentados, durante la guerra, en el interior de la Ciudad, en una casa del arcediano de la Selva sita junto a la plaza dels Lladoners. En 1711, terminada la guerra, los capuchinos se instalaron en unos terrenos que les habían sido otorgados de limosna en Torre Gironella, saliendo por la puerta de San Cristóbal, camino de San Daniel." ("Los capuchinos en Gerona. El convento de San Antonio, (1732-1835)", P. Basilio de Rubí).