En el siglo XVI, con la aparición de nuevas órdenes religiosas, se instalaron en el cerro los monjes capuchinos y en él edificaron un convento. Con las obras de ampliación que hicieron entre 1584 y 1587 construyeron una cisterna que permitía acumular 700 metros cúbicos de agua, con un depósito compuesto por tres grandes salas separadas por columnas. El túnel subterráneo de acceso posiblemente se construyó, en un principio, para acceder a una probable cripta o a otras dependencias religiosas subterráneas. La construcción se mantuvo con la edificación de un fuerte durante la Guerra de Sucesión (1707) y la de Independencia (1808-1809).